LINAN cuenta con un sistema de cromatografía de líquidos (nanoUPLC) acoplado a un espectrómetro de masas de alta resolución (SYNAPT HDMS), en conjunto se le denomina nanoUPLC-SYNAPT MS/MS.
Todo el sistema está acondicionado para la identificación de proteínas; el sistema de cromatografía tiene la función de realizar la inyección en nanoflujo tanto a la muestra como los solventes de la fase móvil, mediante su columna cromatográfica (fase estacionaria) hace la separación por hidrofobicidad trasladando los péptidos al sistema de ionización del espectrómetro de masas. El espectrómetro de masas de alta resolución, SYNAPT G1 HDMS, cuenta con un sistema de ionización por electrospray en “Z” y un arreglo que funciona como guía que elimina iones de poco interés; su Quadrupolo funciona como filtro de iones previo a la siguiente etapa del equipo; el fabricante, Waters, lo denomina “T-wave”, esta sección está compuesta por tres partes con función específica que ayudan a mejorar la fragmentación y separación de los iones, mejorando la identificación de péptidos y proteínas. La sección posterior al “T-wave” corresponde al tiempo de vuelo (TOF), es la sección más importante en la separación de iones posterior a la fragmentación por el “T-wave”, cuenta con dos modos en “V” y “W”, que mejoran la separación de acuerdo a la carga del ion; Su último componente, el detector, es de alta resolución lo que asegura una excelente detección de iones.
Figura. Organización interna del espectrómetro de masas SYNAPT G1 HD
https://www.youtube.com/watch?v=krW_sHQ6FG4
https://www.youtube.com/watch?v=LTLtLsgkgLY
La espectrometría de masas es una herramienta importante para la identificación de proteínas y péptidos, el sistema nanoUPLC-SYNAPT es capaz de generar datos de masas de muestras provenientes de geles de acrilamida SDS-PAGE, muestras líquidas puras y complejo de proteína, determinación de peso molecular exacto de proteína pura. Sus archivos con extensión pkl o mzML son compatibles con varios de los motores búsqueda en bases de datos libres (NCBI, Uniprot).
Cromatógrafo de líquidos NanoUPLC acoplado a un espectrómetro de masas Synapt G1 MS/MS, marca Waters. Cuenta con columna de separación de péptidos nanoAcquity C18, 130 A de 75 um x 100 mm. Fuentes de ionización nanoESI (identificación de proteínas), ESI y Maldi-Imaging. Cuenta con software de apoyo como PLGS (Waters) y Mascot - Deamon (Matrix Science), así como otras aplicaciones como ProteinPilot Software, DeCyder Image Software y Melanie 2D Analysis Software.
Es una herramienta importante en áreas como expresión de proteínas, proteómica, biomedicina, alérgenos y otras áreas que requieren identificación de proteínas.
